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高效能計算說明

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適用對象全院同仁、院本部同仁、各所資訊室同仁、圖書館員、訪客

 

說明:

高效能計算(簡稱 HPC)服務主要提供計算資源做為大量計算或科學計算使用。服務內容主要分為Basic service及Advanced Service;近年來使用PC Cluster幫助研究工作進行的需求逐年升高,HPC服務亦提供計算環境建置諮詢服務,幫助院內各所建置HPC計算環境的需求,並提供公用科學計算軟體服務。

類別

用途

服務對象

 Basic Service

 一般日常計算或科學計算

 本院研究人員、與本院有合作計畫之院外研究人員

 Advanced Service

 非長期之大量計算或非長期之大量科學計算

 本院全職之研究人員

 

軟硬體環境:本服務提供的硬體服務設施,請參閱HPC資源表;若您要使用的軟體不在本服務提供的範圍之內,請安裝於個人目錄下使用。


HPC軟體環境表

作業系統

排程系統

軟體

系統名稱

服務類型

RedHat Enterprise Linux

Sun N1 Grid Engine (以下簡稱SGE)

Gaussian,GaussView,PGI compiler,PGI mpich,Intel Compiler,Intel mpich

C2 Cluster、C3 Cluster

Basic Service、Advanced Service

 

帳號申請:請申填妥網站上之申請表格並附上服務證影本,回擲資訊服務處「計算資源組」收,HPC小組將在收到帳號申請表的三個工作天內,回覆帳號申請相關事宜。詳細說明請參閱HPC服務網頁,並參考HPC Use Policy。
 

使用HPC服務步驟:首次使用本服務的使用者,請依照以下說明,登入HPC主機並進行相關之計算工作(例如:提交計算工作)。

1.登入HPC主機:基於系統安全性考量,登入HPC主機請注意下列事項:

  1. 使用secure shell連線
  2. 請以院內IP登入使用,非院內IP無法登入HPC主機
  3. 請於第一次登入系統之後,修改密碼。

2.執行系統提供的範例計算:首次使用HPC服務的使用者,請先參閱HPC主機目錄/usr1/demo中的範例計算,將要執行的範例計算目錄複製回個人目錄下,依照README說明執行系統提供的範例計算。在主機目錄/usr1/demo中,包含的計算類型如下:

Cluster

serial

parallel

C2 Cluster,C3 Cluster

gaussian

mpich2

 

 

執行自己的計算:請參閱主機目錄/usr1/demo中的範例,並選擇適合的類型,依照範例中的說明修改相關參數,以符合自己的計算需求進行計算;如有更進階的計算需求,請參閱LoadLeveler手冊或SGE手冊。

 

資料上傳或下載:HPC主機允許使用者上傳計算資料進行計算,或是下載資料至個人電腦進行分析。請利用ftp、sftp方式連線到HPC 主機,進行上傳或下載資料。

 

資源使用限制:為使計算資源妥善地被使用,HPC服務對於資源使用有所限制:如使用者有需要較多的計算資源需求,需徵得所屬PI同意後,在計算資源合理分配使用的原則下,可短期調高使用者所使用的計算資源;請洽詢HPC小組辦理。

 

聯絡方式
網站:http://hpc.sinica.edu.tw
Email:hpc@sinica.edu.tw
電話:02-2789-9247
傳真:02-2783-6444
地址:台北市南港區研究院路二段128號 資訊服務處
位置:院本部大樓4樓4006室

 

參考資源
Linux 相關網站:http://linux.vbird.org
Sun N1 Grid Engine 首頁 http://gridengine.sunsource.net/
Sun N1 Grid Engine 文件 http://gridengine.sunsource.net/documentation.html
IBM Tivoli Workload Scheduler LoadLeveler 手冊 http://publib.boulder.ibm.com/infocenter/clresctr/vxrx/topic/com.ibm.cluster.loadl.doc/llbooks.html